Prefekt studiów i wicerektor Instytutu Teologicznego Księży Misjonarzy (od 2022 r. wicedyrektor Instytutu Teologicznego Księży Misjonarzy) jest odpowiedzialny za funkcjonowanie Instytutu i czuwa nad zgodnością programu nauczania z obowiązującym ratio studiorum.
- Ks. Wilhelm Michalski (1910 – 1917)
- Ks. Konstanty Michalski (1918 – 1927)
- Ks. Franciszek Willim (1935 – 1945)
- Ks. Aleksander Usowicz (1945 – 1947)
- Ks. Franciszek Bracha (1947 – 1963)
- Ks. Florian Kapuściak (1963 – 1968)
- Ks. Zbigniew Pufal (1968 – 1969)
- Ks. Władysław Bomba (1969 – 1973)
- Ks. Tadeusz Wyszyński (1973 – 1974)
- Ks. Stanisław Wypych (1974 – 1975)
- Ks. Stanisław Mędala (1975 – 1977)
- Ks. Tadeusz Wyszyński (1977 – 1978)
- Ks. Edward Formicki (1978 – 1979)
- Ks. Bronisław Sieńczak (1979 – 1985)
- Ks. Jan Telus (1985 – 1988)
- Ks. Marcin Stasiowski (1988 – 1990)
- Ks. Kryspin Banko (1990 – 1991)
- Ks. Waldemar Rakocy (1991 – 1994)
- Ks. Kryspin Banko (1994 – 1997)
- Ks. Adam Bandura (1997 – 2013)
- Ks. Andrzej Paluch (2013 – 2014)
- Ks. Tomasz Ważny (2014 – 2017)
- Ks. Cezary Kokociński (2017 – 2018)
- Ks. Tomasz Bałuka (2018 – 2019)
- Ks. Michał Lipiński (2019 –
